Относится к бассейну Берингова моря.
Через озеро Койнатхун проходит 180-й мередиан, таким образом часть озера находится в Восточном, а часть – в Западном полушарии.

Койнатхун из космоса Фото: bestmaps.ru Взято:ИНТЕРЕСНЫЕ ФАКТЫ
Площадь водного зеркала, согласно данным Государственного водного реестра, 53,5 км2, длина – 11,5 км, ширина – 7 км. Площадь водосбора 3180 км2. Койнатхун – 6-е озеро Чукотского автономного округа и 233-е озеро России по площади водного зеркала[*]. Через озеро протекает р. Тынгеквеем, впадающая в Анадырский залив Берингова моря, также в озеро впадает р. Эчувеем.
Озеро расположено на прибрежной равнине в 15 км от Анадырского залива Берингова моря, к юго-западу от залива Креста.
Имеет неправильную форму, слегка вытянуто с северо-запада на юго-восток; северо-западная часть более расширенная, чем юго-восточная. Береговая линия сглаженная, почти нигде не образует бухт и заливов.
Водосбор озера расположен в тундровой зоне, в области широкого распространения многолетней мерзлоты, ограничивающей возможности проникновения влаги в нижележащие грунты, что создает условия для заболачивания почвы. Значительное распространение на водосборе имеют низинные осоково-пушицевые болота.
Питание озера происходит за счёт талых вод и атмосферных осадков. Озеро лимнологически не изучено.
Поселений поблизости озера нет. В силу полного отсутствия антропогенной нагрузки вода озера чистая, по химическим и бактериологическим показателям пригодна для питьевого и хозяйственного водоснабжения.
А.В. Измайлова
Источники: ИНТЕРЕСНЫЕ ФАКТЫ и Койнатхун Озеро